鳥類資源約202種。其中，國家重點保護的20種，省重點保護的60多種，兩棲爬行類野生動物11種，獸類22種。主要分布于濕地資源較多的民權、睢縣、梁園區(qū)、睢陽區(qū)、虞城縣。濕地面積1萬公頃，以黃河故道為主。

　　2005年全市林木覆蓋率提高到25%；城市綠化覆蓋率達到30%，其中商丘市市區(qū)城市綠化覆蓋率達到35%，綠地率達到30%，人均綠地面積達到8平方米。自然保護區(qū)個數(shù)由"九五"末的空白增加到2005年的2個，自然保護區(qū)面積從無到有，"十五"末達到96平方公里，占國土面積的1%。