生物多樣性公約的最高權(quán)力機構(gòu)是締約方大會（COP），它由批準公約的各國政府（含地區(qū)經(jīng)濟一體化組織）組成，這個機構(gòu)檢查公約的進展，為成員國確定新的優(yōu)先保護重點，制定工作計劃。COP也可以修訂公約，建立顧問專家組，檢查成員國遞交的進展報告并與其它組織和公約開展合作。

　　COP可以從公約建立的其它機構(gòu)獲得專業(yè)知識和支持，如：

　　科學、技術(shù)和工藝咨詢附屬機構(gòu)(SBSTTA)  SBSTTA是由來自成員國相關(guān)領(lǐng)域的專家組成，它在向COP提供科學和技術(shù)問題建議方面起著關(guān)鍵作用。

　　資料交換所機制 是基于因特網(wǎng)的促進科技合作和信息的網(wǎng)絡。

　　秘書處 設(shè)在加拿大的蒙特利爾，與聯(lián)合國環(huán)境署緊密聯(lián)系，主要職能是組織會議、起草文獻、協(xié)助成員國履行工作計劃、與其它國際組織合作，收集和提供信息。此外，COP在其認為適當時可成立專門委員會或機制，COP于1996至1999年間成立了生物安全工作組，并成立了土著知識和地方社區(qū)工作組。

　　全球環(huán)境基金（Global Environment Facility） 發(fā)展中國家在開展與公約有關(guān)活動時可以從公約的財務機制中獲得資助，如GEF。由聯(lián)合國環(huán)境規(guī)劃署（UNEP）、聯(lián)合國開發(fā)計劃署（UNDP）和世界銀行支持的GEF項目在四個對全球環(huán)境具有重大作用的領(lǐng)域促進國際合作并提供資助：生物多樣性的喪失、氣候改變、臭氧層耗竭和國際水資源的衰竭。到1999年末，GEF為120個國家的生物多樣性項目提供了近10億美元的資助。